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Numérique et recherche en santé et sciences du vivant

Le MOOC Numérique et recherche en santé et sciences du vivant a pour objectif de donner aux chercheurs, professionnels de la recherche en santé et sciences du vivant et futurs chercheurs français et francophones les éléments nécessaires pour s’adapter à l’évolution des pratiques de recherche en santé (de la gestion à la communication et à la diffusion de ressources scientifiques) et leur permettre de prendre en main les outils numériques associés. Il permettra en outre de saisir certains nouveaux tels que le libre accès à la publication scientifique, le partage de données scientifiques ainsi que les changements de méthodologies que le numérique peut introduire dans les pratiques de recherche (data driven research, recherche participative).

Centre Virchow-Villermé

* MOOC Francophone est un service de mise en relation sans inscription et sans intermédiaire. Nous n’organisons aucun cours, le lien « Suivre le cours » vous redirige vers la page web des organisateurs. Les participants peuvent également évaluer ce cours en cliquant ici
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    Intervenant

    Célya Gruson-Daniel
    Coordination générale, directrice du Mooc. Célya Gruson-Daniel est ingénieure de recherche responsable des technologies de l’information et de la communication au sein du Centre Virchow-Villermé Paris-Berlin. Elle coordonne et pilote l’activité de production des MOOC et contribue à l’animation de l’activité de recherche en Open Science et Big Data.

    Diplômée de l’ENS et de l’UPMC en neurosciences cognitives et comportementales, Célya Gruson-Daniel s’intéresse aux transformations de la recherche et de l’éducation supérieure, notamment via les mouvements de l’Open Science et de l’Open Education. Elle a cofondé en janvier 2013 la communautéHackYourPhD. Dans le cadre de son doctorat en Information et Communication (École Doctorale Frontières de l’Apprentissage du Centre de Recherche Interdisciplinaire), elle consacre sa recherche au mouvement de l’Open Science.

    Liane Huttner
    Aide à la coordination et à l’animation. Liane Huttner est étudiante en Master de droit. Diplômée de l’université Panthéon-Assas en droit et de l’université Pierre et Marie Curie en biologie, elle s’intéresse à tous les liens qui relient science et biologie. Elle est stagiaire au centre Virchow-Villermé et participe à la coordination du MOOCSciNum et plus particulièrement aux éclairages apportés sur les questions juridiques

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    Durée

    7  semaines
    Du 19 octobre au 6 décembre 2015

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    Prérequis

    – Utilisation de base de logiciels de bureautique ;

    – Connaissance de base de la démarche de recherche scientifique en santé et sciences du vivant (niveau licence préférable)

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    Charge de travail

    3 heures / semaine

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    Coût

    Gratuit

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    Certification

    Attestation de suivi avec succés

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    Déroulement

    Séances : Elles feront appel à une diversité d’experts (chercheurs, ingénieurs de recherche, bibliothécaires, médecins, juristes etc.) pour apporter un éclairage sur les enjeux de ces nouveaux usages. Des screencasts proposeront des retours d’expérience de chercheurs et permettront de découvrir ainsi un ensemble d’outils numériques open source utilisés en recherche (logiciel R, Zotero, Github, Python). Les échanges entre participants et intervenants de ce MOOC et les réflexions générées dans ce cadre constitueront une source importante, une matière vive, qui viendra nourrir la pratique. Il sera aussi question pour chaque participant de se questionner sur ses propres pratiques et de construire au fil du MOOC des objectifs concrets pour les faire évoluer

    Quizz : chaque interview et screencast donnera lieu à un quizz de deux questions par vidéo.

    Exercices pratiques : ils seront réalisés tout au long du MOOC mais notés à la fin, quand ils seront présentés dans l’exercice final. Ils mettront en œuvre les compétences pratiques acquises lors de chaque séance (création d’un compte zotero, github, d’un blog scientitique etc.). Le forum de discussion permettra aux participants de faire part de leurs difficultés éventuelles et de s’entraider.

    Évaluation mi-parcours : il sera demandé aux participants de rédiger un texte offrant une réflexion critique sur les transformations majeures et les enjeux soulevés par le numérique dans leur domaine de recherche en s’appuyant sur des exemples concrets. Le texte sera évalué
    par les pairs et repris dans l’exercice final en prenant en considération les commentaires des pairs et les connaissances acquises dans les séances suivant l’exercice. Les questions« débat » proposées à chaque séance pourront nourrir cette réflexion.

    Exercice final : Cet exercice final sera un exercice de synthèse des acquis et réflexions menées par les participants tout au long du MOOC sur leur propre pratique de recherche et les transformations qu’entrainent le numérique. A la fin du MOOC, dans ce document, les participants partageront :- les résultats des exercices pratiques réalisés au cours du MOOC qui seront donnés sous forme de lien hypertexte- une synthèse des réflexions menées autour de leur propre recherche qui reprendra le premier texte évalué à mi-parcours auquel le participant aura donné une plus grande profondeur d’analyse.- une réalisation propre (vidéo sur des outils, comparaison d’outils numériques déjà présentés, ajout de ressources) du participant qui pourra amener ainsi sa propre pierre à l’édifice du MOOC. L’objectif étant que le MOOC s’enrichisse de session en session

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    Programme

    Séance 0 : Recherche à l’ère du numérique : quelles transformations ? (séance d’introduction)
    [Interview] Numérique et Recherche
    [Screencast] Présentation du MOOC

    Séance 1 : S’appuyer sur des ressources scientifiques existantes
    [Interview] Bibliothèque et numérique : quels défis et quels rôles à jouer ?
    [Screencast] Savoir gérer sa bibliographie seul ou en groupe avec Zotero

    Séance 2 : Collecter/produire des données scientifiques
    [Interview] Numérique et collecte de données en santé
    [Screencast] Daydream : un exemple de collecte de données en ligne

    Séance 3 : Traiter/analyser des données scientifiques
    [Interview] Données et numérique : quelles « réelles » transformations ?
    [Screencast 1] Recherche en neurogénétique : exemple d’utilisation de Python et de Github
    [Screencast 2] Analyse de données en épidémiologie avec R

    Séance 4 : Archiver/partager des données scientifiques : données de santé, données sensibles
    [Interview 1] Des données partagées aux données ouvertes en recherche
    [Interview 2] Données de santé, données sensibles : quels droits ? Quelles protections ?
    [Screencast] Partage de données médicales anonymisées

    Séance 5 : Partager ses résultats scientifiques : écrire et publier
    [Interview 1] Publier sa recherche à l’ère du numérique : Open Access
    [Interview 2] Droit d’auteur et licences Creative Commons : quelques précisions utiles avant de publier
    [Screencast 1] Déposer un article dans HAL

    Séance 6 : Faire partie d’une communauté scientifique
    [Interview] Evaluer, être évalué : retour sur la « machinerie » de l’évaluation et ses évolutions
    [Screencast 1] Faire connaître ses activités de recherche : comparaison de Zenodo et Figshare
    [Screencast 2] Communiquer sur ses recherches : présence « en ligne ».

    Séance 7 : Nouvelles formes d’interaction en recherche et enjeux éthiques
    [Interview 1] Ouvrir le processus de recherche : des sciences citoyennes à la recherche participative
    [Interview 2] Ethique de la recherche à l’ère du numérique
    [Screencast 1] Présentation d’un projet de sciences citoyenne avec le Citizen Cyberlab
    [Screencast 2] Blogs scientifiques

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    Plateforme

    France Université Numérique (FUN)
    Plate-forme nationale française et propriété du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche. Elle est basée sur la technologie Open edX du MIT et de Harvard.

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